“十一五”期间，部水运局在部党组的正确领导下，在有关司局的大力支持下，科学谋划，促进发展，强化管理，努力提升了“三个服务”的能力和水平，为水运科学、快速发展提供了有力的保障，取得了突出成绩。
一、推动内河水运发展上升为国家战略
五年中先后筹备召开了黄菊副总理出席、沿江七省二市党政主要领导参加的长江黄金水道高层座谈会，张德江副总理出席的全国内河水运发展座谈会，创建了长江水运发展协调机制，积极争取将内河水运建设、船舶运力调控资金政策等上升至国家层面予以推进。召开了全国水运工作会，确立了“大力发展内河航运，不断开拓海洋运输”的发展方向，提出了2020年水运总体实现现代化的奋斗目标。国务院于2011年1月正式印发了《关于加快长江等内河水运发展的意见》，标志着内河水运发展上升为国家战略。
二、两岸航运翻开历史新篇章
2008年11月4日，大陆海协会与台湾海基会签署了《海峡两岸海运协议》，同年12月15日，台湾海峡两岸之间双向直航正式开通。截至目前，大陆有57个、台湾有14个，共71个港口（港区）开通了直航运输。交通运输部先后出台12项促进两岸直航的政策措施，开通了两岸客货直航班轮航线，举行了海上联合搜救演习。两年多来，已累计运送货物1.2亿多吨，运送旅客300多万人次。
三、水运法规体系基本建立
水运立法强调服务型交通的立法理念，立法程序更加规范，立法机制不断健全，有序推进立法工作并在重大问题上取得实质性突破，提升了水运法规的层次和水平，基本建立了水运法规体系。水运龙头法律《航道法》立法工作得到了国务院领导和部领导的高度重视。《国内水路运输条例》列入2010年国务院一类立法计划，取得了重大突破，有望于2011年颁布实施。颁布港口、航道建设和水路运输、港口管理等12部重要规章，创新了管理思路，建立和完善了一批重大制度。水运行政执法能力明显增强。对100多家违规航运企业有效实施了行政处罚，注销了一批不能有效保持经营资质的国内水路运输企业经营资格。